Juan Sánchez Cotán wurde 1560 in Orgaz nahe Toledo geboren. Nur wenig ist über sein Leben bekannt. Er war ein Freund und gerüchteweise Schüler von Blas de Prado. Dokumente geben an, dass er 1599 mit El Greco Verhandlungen führte und Bilder des Künstlers erwarb.

Stilistisch lässt Cotán sich in die Schule von El Escorial mit venezianischen Einfluss einordnen. Cotáns strenger Stil hatte große Wirkung auf die spanische Malerei, erkennbar zum Beispiel bei Francisco de Zurbarán. Cotán gilt als Begründer der spanischen Stilllebenmalerei.
Für ungefähr zwanzig Jahre verfolgte er eine erfolgreiche Karriere als Maler in Toledo, gestützt durch die städtische Aristokratie. Cotán malte religiöse Szenen, Portraits und Stillleben. Er arbeitete später mit einem strengen Naturalismus, der dem vorherrschenden Künstlerstil entgegenstand.
 Die Wurzeln Cortáns lagen nicht in zeitgenössischen künstlerischen Strömungen, sondern in intellektuellen Tendenzen der Renaissance. Er eignete sich eine eher weltliche, wissenschaftliche Sicht der Natur an.
Charakteristischerweise wählte er nur einfache Obst- oder Gemüsestücke wie eine Gurke oder einen Kohlkopf und arrangierte diese auf einem Regal oder Sims mit einer fast geometrischen Klarheit vor einem dunklen Hintergrund.

Diese Bilder fanden ein empfängliches Publikum unter den gebildeten Intellektuellen der Gesellschaft Toledos. 1603 vernachlässigte Cotán seine malerische Karriere und zog nach Granada, wo er als Mönch in den Cartusianer-Orden eintrat.
Die Gründe für diesen Schritt sind nicht klar, wobei solche Handlungen nicht unüblich waren in Cotáns Zeit. Dort schuf er zahlreiche religiöse Szenen für das Kloster selbst.

Juan Sánchez Cotán starb 1627 in Granada.